Il Museo Civico di Palazzo Malatestiano comprende la Sezione Archeologica, la Pinacoteca Civica, la sezione dedicata alle ceramiche e quella numismatica.
In dialogo con la tradizione romana della città, la sezione fanese di Rinascimento Segreto presenta un importante nucleo di sculture di Desiderio da Settignano, Antonio Rossellino, Agostino di Duccio, Matteo Civitali, Gasparo Cairano, Agostino de Fondulis, Giovan Francesco Rustici, Severo da Ravenna e Domenico Rosselli.
Completano il percorso una croce processionale della scuola di Donatello e una selezione di oggetti d'arte, tra cui bronzetti, maioliche e una pisside veneziana del 1529.